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Los dispositivos FT2232D, FT232H, FT2232H y el FT4232H incoporan un procesador comandado llamado "Multi-Protocol Synchronous Serial Engine (MPSSE). EL propósito del procesador de comandado MPSSE es comunicarse con dispisitivos que usan protocolos sincronos (tal como JTAG oSPI) en una manera eficiente.
La unidad MPSSE es controlada utilizando un comando SETUP. Varios comandos son utilizados para sacar y entrar datos de clock del chip, así como controlar otras lineas de I/O.
Si está desactivado el MPSSE se lleva a cavo un reseteo y no tendrá ningún efecto en el resto de el chip. Cuando está activo, este tomará sus comandos y datos desde el dato OUT escritó hacia el conducto OUT en el chip.
Esto se hace simplemente utilizando el comando WRITE, como si el dato estuviera escribiendose en un puerto COM.
Cualquier lectura de se pasará de nuevo en el conducto normal IN. Esto se hace usando el comando normal READ, como si el dato estuviera leyendose desde un puerto COM.

Para asegurar que el controlador del dispositivo no emitirá respuesta IN si el baffer es deshabilitado para aceptar datos, agregar una llamada a la prioridad FT_SetFlowcontrol para entrada al modo MPSSE o MCU Host Bus.